- Aici e Europa Liberă
- Cartea căpitanilor
- Mărturisiri pentru un om nou
- Stil legionar
- Maurer și lumea de ieri: mărturii despre stalinizarea României
- Wilson
- Roumanie, le livre blanc: la realite d’un pouvoir neo-communiste
- Ultimul deceniu comunist: scrisori către Radio Europa Liberă. Vol. II: 1986-1989
- Originile și sensul comunismului rus (ed. a II-a)
- Unitate și continuitate în istoria poporului român
- Aromâni, meglenoromâni, istroromâni – aspecte identitare și culturale
- Zări și zodii. Poezii din închisoare
- Istoria lagărului de concentrare de la Dachau: 1933-1945
- Unirea Basarabiei cu România, 1918-1927: documente
- Armata și Mișcarea Legionară: 1927-1947
- Statul național legionar: septembrie 1940 – ianuarie 1941. Cadrul legislativ
- Cum a fost posibil?: Evreii din România în perioada Holocaustului
- Războiul civil din Spania
- Corupția spirituală: texte social-teologice (ed. a II-a, nemodificată)
- Credință interzisă
- Conferințe freiburgheze și alte scrieri. Vol. V
- Ernesto Che Guevara: omul devenit simbol al egalitarismului și al libertății popoarelor
- Ex Historia Romena: Ioannes Bob, Episcopus Fagarasiensis (1783-1830)
- România și românii=Romania and the Romanians
- Jurnal de bord: Europa, dragostea mea
- Geborgenheit in der fremde. 1944-1994: 50 Jahre rumanische Exilbucher und Periodika in Munchen
- Lupeni ’77. Sfânta Varvara versus tanti Varvara
- Al treilea om al Axei: memorial Antonescu
- Munca obligatorie a evreilor din România (1940-1944): documente
- Istoria României (ed. rev. și adăugită)
- Poezii
- Însemnările mele: 1945-1999
- Însemnările mele: 1927-1944
- Cel mai bun roman al tuturor timpurilor
- Fugi din viața ta, revoltătoare și slută, în cartea mea [roman]
- „Amorsarea” Revoluției: România anilor ’80 văzută prin ochii Securității
- „Și nu ne duce pe noi în ispită…”: România și „războaiele minții”: manipulare, propagandă și dezinformare (1978-1989)
- Securitatea și sistemul educațional comunist din România (1948-1989)
- Istoria secolului al XX-lea și educația pentru cetățenie democratică
- „Trage lașule!”: carte despre Bogdan Șerban Stan, erou al Revoluției din decembrie 1989
- Căpitanul
- Opere complete: Ediția Monumentul MM
- Biserica Ortodoxă Română: stat și societate în anii ’30
- Corespondență cu Alexandru Ioan Cuza și Costache Negri
- 1989 – Legiunea Revoluției
- Polonia, experiență și exemplu
- Colectivizarea în regiunea București, 1950-1962
- Victimele Revoluției: Timișoara – 1989
- Din împărăția morții: cronică rezumată din închisori
- Averea președintelui: conturile Ceaușescu